In de praktijk van het modelleren met MODFLOW komt het regelmatig voor dat een modelleur na een modelberekening constateert dat niet alle modelfluxen zijn bewaard.
De modelleur moet dan alle interne MODFLOW-vlaggen controleren en zonodig aanzetten waarna de modelrun opnieuw moet worden uitgevoerd. De hedendaagse MODFLOW-modellen zijn echter vaak dusdanig groot dat een herhaling van de modelrun een aanzienlijke tijd kan vergen. Het is gebruikelijk om de uitvoer van een
modelberekening, stijghoogten en fluxen, op te slaan in binaire files. Deze kunnen daarna met aparte post-processoren worden gelezen en verwerkt. De modelleur
kan de hoeveelheid uitvoer sturen door aan te geven voor welke tijdstippen en voor welke modellagen de resultaten moeten worden bewaard. Als bij grote modellen
alle benodigde uitvoer wordt aangemaakt ontstaat er veelal een enorme hoeveelheid data. Deze hoeveelheid kan dusdanige afmetingen aannemen dat de modelrun onder
Windows stopt met een foutmelding. Een modelrun zou eigenlijk alleen de benodigde stijghoogten moeten genereren. Immers, als alle stijghoogten zijn berekend is het systeem in combinatie met de invoer data volledig gedefinieerd. De modelfluxen zijn dan ook impliciet bekend. Voor het gewenste deel van het modelnetwerk en voor een gekozen periode kunnen de fluxen door middel van een nabewerking worden bepaald.
